Nakon što užasan alhemijski eksperiment pođe po zlu u domu porodice Elrik, braća Edvard i Alfons suočavaju se sa katastrofalnom novom stvarnošću. Ignorišući osnovni alhemijski zakon koji zabranjuje ljudsku transmutaciju, pokušali su da ožive svoju nedavno preminulu majku. Umesto toga, doživeli su strašan lični gubitak: Alfonzovo telo je potpuno nestalo, dok je Edvard izgubio nogu, a zatim i ruku, koju je žrtvovao kako bi Alfonzovu dušu privezao za veliki oklop.

Braću spašavaju komšinica Pinako Rokbel i njena unuka Vinri. Vinri, poznata kao genijalka biomehaničkog inženjeringa, izrađuje Edvardu protetičke udove koristeći „automail“ — čvrst i prilagodljiv metal koji se koristi u robotici i borbenim oklopima. Nakon godina obuke, braća Elrik kreću na put kako bi povratili svoja tela, tražeći Filozoferov kamen — moćni dragulj koji omogućava alhemičaru da zaobiđe tradicionalne zakone o ravnoteži razmene.

Kako Edvard postaje čuveni alhemičar poznat pod nadimkom „Čelični“, njihovo putovanje uvlači ih u sve dublju zaveru koja preti sudbini celog sveta.