Godinama unazad, groteskna čudovišta nalik Godzili, poznata kao "Kaiđui", neprestano se pojavljuju širom Japana, ostavljajući pustoš za sobom. U borbi protiv ovih nemani, elitna vojna jedinica — Odbrambeni korpus — svakodnevno stavlja svoje živote na kocku kako bi zaštitila civile. Kada neko od čudovišta konačno bude savladano, posao njegovog uklanjanja preuzima specijalizovana ekipa čistača iz Profesionalne korporacije za čišćenje Kaiđua.

Kafka Hibino, tridesetdvogodišnji radnik ove korporacije, već godinama potiskuje svoj pravi san — da postane član Odbrambenog korpusa i bori se protiv Kaiđua na prvoj liniji. Nakon niza neuspešnih pokušaja, odustao je i pomirio se sa rutinskim, ali sigurnim poslom. Međutim, kada mu se u timu pridruži mladi i ambiciozni regrut Reno Ičikava, Kafka ponovo počinje da razmišlja o svom starom cilju.

Sudbina interveniše na neočekivan način — nakon niza neobičnih događaja, Kafka dolazi u kontakt s misterioznim Kaiđu parazitom, koji mu ulazi u telo i ga pretvara u čudovište... Kaiđua koji zadržava ljudski um.